新竹反對防疫中心比較有爭議的是「實驗室及研究檢驗中心」，規劃有病毒及細菌實驗室、真菌實驗室、實驗動物室、高生物安全等級實驗室等，排放含重金屬和大腸菌種的污水、廢氣及廢棄物，難免會引發外界疑慮。