多年來廣九直通車都有一個怪現象，由於內地製造的列車不設集便裝置，乘客如廁時會將排污物直接排放在路軌上。但根據《香港鐵路附例》，無集便設備的列車不能在鐵路上排放排泄物，故列車在香港境內行駛期間禁止乘客使用廁所。