為因應兩岸貨物運輸之需要，並考量海運航行時間短及貨物通關作業艙容空間需求大等特性，財政部關務署已完成海運港埠設置海運快遞專區的規劃，未來海運快遞貨物專區建置完成後，將可提供完整海空聯運作業，滿足業者得以高便利、低成本、更安全、更迅速方式通關。

財政部關務署表示，依關稅法第27條第2項規定，財政部已於102年11月29日訂定發布「海運快遞貨物通關辦法」，內容包括：海運快遞貨物應符合之條件、申請設立海運快遞貨物專區業者之條件及設立程序、海運快遞貨物通關程序、違反相關規定之罰則等。為使海運快遞貨物申報作業更為周延，

該辦法特別規定海運快遞業者應於運輸業者傳輸進口艙單後始得傳輸進口報單，並應於船舶抵達卸貨港口前完成報單申報；另規定除文件類外，不同納稅義務人或輸出人之海運快遞貨物不得併袋及合併申報。

該署進一步表示，設置海運快遞專區涉及業者投入所需場地、設備等資源，為讓業者申請設立海運快遞專區有明確依據，該署已於103年1月23日訂定「申請設立海運快遞貨物專區審查作業要點」，明確規範業者申請設立海運快遞貨物專區之資格條件，申請程序及審查作業等。業者預估初期每日進口貨量約為60公噸，出口貨量約為55公噸，將可達到貨暢其流、增加就業人口及提升我國經濟發展的契機。