被馬英九任命為行政院長的吳敦義，在擔任高雄市長期間，當時中國國民黨是從立法到行政、中央到地方的政權都一把抓徹頭徹尾的「完全執政」，但吳敦義對於區區一個已經延宕三十多年的「紅毛港遷村案」，除了出一張嘴喊一喊，請求中央一定要撥下廿七億搬遷費補助款卻一事無成。