水利署的內部初步估算，這次莫拉克颱風所帶來的降雨，在曾文集水區及八掌溪集水區，有多達1/3的雨量站測得的雨量，達到2000年防洪頻率的標準、有1/2雨量站達500年防洪頻率以上；高屏溪流域也有1/9的雨量站，測得的雨量達到2000年防洪頻率。