1998年當選南市第14屆市議員，開啟政治生涯，問政表現即令官員和記者刮目相看，獲自立早報記者評為第14屆台南市議會議員最佳新人獎的肯定。2002年邱莉莉競選第15屆台南市議員連任，從選區的第四名當選晉升為第二名當選，可看出經營基層多年的回報，2005年底第16屆市議員選舉，邱莉莉在應選五席的中西區，獲得7,784票，為該選區最高票，2010年台南縣市合併升格為直轄市的市議員選舉，在議員席次減半的壓力下，邱莉莉更一舉囊括17,719張選票，民主史頁永恆記載「2010年第一屆臺南市議員選舉得票數最